（1）增值税一般纳税人为清包工工程提供的建筑服务，可以选择按照简易计税方法依3%征收率计税。

（2）纳税人提供建筑服务，被工程发包方从应支付的工程款中扣押的质押金、保证金，未开具发票的，以纳税人实际收到质押金、保证金的当天为纳税义务发生时间。该公司没有开具发票且没有实际收到的质量保证金，不需要缴纳增值税。

（3）该建筑公司应纳增值税＝500×（1－1%）×3%＝14.85（万元）。

选项B，一般纳税人销售2016年4月30日前取得的不动产，可以选择简易计税方法，征收率为5%。

选项C，一般纳税人为甲供工程提供的建筑服务，不可以选择简易计税方法，只能采用一般计税方法，适用9%增值税税率。