选项A当选：对代理进口货物，以海关开具的完税凭证上的纳税人为增值税纳税人。即对报关进口货物，凡是海关的完税凭证开具给委托方的，对代理方不征增值税；凡是海关的完税凭证开具给代理方的，对代理方应按规定征收增值税。该题中海关进口增值税专用缴款书上的缴款单位是甲进出口公司，因而该进口设备的增值税纳税人是甲进出口公司。

选项B不当选：年应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人按小规模纳税人纳税；

选项C不当选：除国家税务总局另有规定外，纳税人登记为一般纳税人后，不得转为小规模纳税人；

选项D不当选：年应税销售额包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额，但纳税人偶然发生的销售无形资产、转让不动产的销售额，不计入年应税销售额。