本题考查增值税应纳税额的计算。

按照规定不得抵扣进项税额的不动产，发生用途改变，用于允许抵扣进项税额项目的，按照下列公式在改变用途的次月计算可抵扣进项税额：可抵扣进项税额=增值税扣税凭证注明或计算的进项税额×不动产净值率。

依据题干数据，可抵扣进项税额=100×90%=90（万元）。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查个人所得税的征收管理。

纳税人在取得经营所得的次年3月31日前，向经营管理所在地主管税务机关办理汇算清缴。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查车船税。

【选项B正确】对节能汽车，减半征收车船税（自2018年7月10日起执行）。

【选项C正确】三轮汽车属于商用货车，征收车船税。

【选项A、D、E错误】捕捞、养殖渔船，警用车船和新能源车船均免征增值税。

因此，本题正确答案为选项BC。

本题考查增值税的税率。

【选项B、C、E错误】纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，税率为9%。

因此，本题正确答案为选项AD。