本题考查契税。

【选项A错误】以自有房屋作股权投入本人独资经营企业，免纳契税。

【选项B错误】经房屋所有人同意，使用者可以通过变更租赁合同，办理过户手续，互换房屋使用权。所互换房屋的价值相等的不征收契税。

【选项C正确】买房拆料或翻建新房，应照章征收契税。

【选项D错误】房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免征契税，办理免征契税手续。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查契税。

土地使用权出让、出售，房屋买卖，计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。契税应纳税额的计算公式为：应纳税额=计税依据×税率。

依据题干数据，该公司应缴纳的契税=3 500×3%=105（万元）。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查土地增值税。

土地增值税实行的是四级超率累进税率。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查契税。

【选项D错误】自2024年12月1日起，对个人购买家庭唯一住房（家庭成员范围包括购房人、配偶以及未成年子女），面积为140平方米及以下的，减按1%的税率征收契税；面积为140平方米以上的，减按1.5%的税率征收契税。

【选项E错误】个人首次购买90平方米以下改造安置住房，按1%的税率计征契税；购买超过90平方米，但符合普通住房标准的改造安置住房，按法定税率减半计征契税。

因此，本题正确答案为选项ABC。