选项A，在简易程序进行中，允许当事人对适用简易程序提出异议。

选项B，适用简易程序案件的举证期限由人民法院确定，也可以由当事人协商一致并经人民法院准许，但不得超过15日。

选项C，已经按照普通程序审理的案件，在开庭后不得转为简易程序审理。

选项D，只有基层法院和它派出的法庭审理简单的民事案件，可以适用简易程序。中级以上人民法院不得适用简易程序审理民事案件。故一审程序中由中级以上人民法院审理的民事案件、第二审程序审理的民事案件均不可以适用简易程序。