本题考查环境保护税应纳税额的计算。

环境保护税应纳税额的计算公式如下：应税水污染物的应纳税额=污染当量数×适用税额。依据题干数据，该厂应纳环境保护税=1 000×5=5 000（元）。

本题考查企业所得税中成本计算的检查。

对直接材料的归集应遵循以下原则：凡属于制造产品耗用的直接材料费用。应直接记入“生产成本—基本生产成本”科目；凡属于辅助生产车间为进行产品生产而耗用的直接材料费用，应直接记入“生产成本—辅助生产成本”科目；凡属于几种产品共同耗用的直接材料费用，因领用时无法确定每种产品耗用的数量，应按照一定标准在各种产品之间进行分配，然后根据分配环节和对象进行归集，记入“生产成本—基本生产成本”或“生产成本— 辅助生产成本”科目。

本题考查企业所得税中成本计算的检查。

对于大量、大批的多步骤生产企业，主要采用分步法计算产品成本。对于大量、大批的单步骤生产企业，主要采用品种法来计算产品成本。对于单件、小批生产的企业，主要采用分批法计算产品成本。

本题考查增值税的计税依据。

增值税的计税依据即为销售额，销售额为纳税人发生应税销售行为取得的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税款。其中，价外费用包括价外向购买方收取的手续费（选项B）、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、包装费（选项C）、包装物租金、储备费（选项D）、优质费（选项E）、运输装卸费、代收款项、代垫款项及其他各种性质的价外收费。