甲股份有限公司回购库存股，注销部分的面值与所注销库存股账面余额之间的差额冲减“资本公积——股本溢价”，不足冲减的，依次冲减盈余公积、未分配利润，选项D当选。

甲公司的会计分录如下：

借：库存股（2.5×100）250

　贷：银行存款250

注销库存股：

借：股本100

　　资本公积——股本溢价40

　　盈余公积30

　　利润分配——未分配利润80

　贷：库存股250

留存收益包含盈余公积和未分配利润两个项目，它们之间相互增减变动不影响留存收益总额，选项A、B当选；宣告分配现金股利，会引起未分配利润项目减少，应付股利增加，选项C不当选；发放股票股利，会使未分配利润减少，股本增加，选项D不当选。

回购本公司股票时，借记“库存股”科目，贷记“银行存款”等科目，不影响资本公积，选项A不当选；以资本公积转增股本时，借记“资本公积——股本溢价”科目，贷记“股本”科目，选项B当选；授予员工股票期权，在等待期内确认的成本费用应当记入“资本公积——其他资本公积”科目，选项C不当选；同一控制下企业合并中取得被合并方净资产在最终控制方合并财务报表中账面价值的份额小于所支付的对价账面价值，应冲减资本公积（股本溢价或资本溢价），资本公积（股本溢价或资本溢价）不足冲减的，依次冲减盈余公积和未分配利润，选项D当选。