甲股份有限公司回购库存股，注销部分的面值与所注销库存股账面余额之间的差额冲减“资本公积——股本溢价”，不足冲减的，依次冲减盈余公积、未分配利润，选项D当选。

甲公司的会计分录如下：

借：库存股（2.5×100）250

　贷：银行存款250

注销库存股：

借：股本100

　　资本公积——股本溢价40

　　盈余公积30

　　利润分配——未分配利润80

　贷：库存股250

以现金结算的股份支付在等待期内借记相关费用，同时贷记“应付职工薪酬”科目，选项C当选。

接受大股东捐赠属于大股东的资本性投入，计入“资本公积——股本溢价”，不能再转入当期损益，选项A当选。

分配股票股利，属于所有者权益内部项目结转，不影响资产，选项A不当选；接受股东现金捐赠、财产清查中固定资产盘盈，会同时增加企业的资产和所有者权益，选项B、C当选；以银行存款购买原材料，属于资产内部项目的增减变动，选项D不当选。