应税营业账簿的计税依据，为账簿记载的“实收资本（股本）”、“资本公积”的合计金额，选项D当选。

财产保险合同的计税依据为支付（收取）的保险费金额，不包括所保财产的金额，选项A不当选；以货换货方式进行商品交易签订的合同，是反映既购又销双重经济行为的合同，应按合同所载的购、销金额合计数计税贴花，选项C不当选；运输合同以运输费用作为计税依据，不包括所运货物的金额、装卸费和保险费，选项D不当选。