本题考查税收制度。

速算扣除数法的基本原理是先按全额累进方法确定该征税数额的税率，并计算出一个税额，然后减去相应的速算扣除数，结果即为按超额累进税率方法计算的税额，即超额累进税率计算的税额＝全额累进税率计算的税额－速算扣除数。

依据题干数据，速算扣除数＝全额累进税率计算的税额－超额累进税率计算的税额＝3 520－1 000=2 520。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查增值税的征税范围。

车辆停放服务、道路通行服务（包括过路费、过桥费、过闸费等）等按照不动产经营租赁服务缴纳增值税。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查税务行政复议。

【选项A错误】合伙企业申请行政复议的，应当以核准登记的企业为申请人，由执行合伙事务的合伙人代表该企业参加行政复议；其他合伙组织申请行政复议的，由合伙人共同申请行政复议。

【选项C错误】行政复议期间，行政复议机关认为申请人以外的公民、法人或者其他组织与被审查的具体行政行为有利害关系的，可以通知其作为第三人参加行政复议。

【选项D错误】股份制企业的股东大会、股东代表大会、董事会认为税务具体行政行为侵犯企业合法权益的，可以以企业名义申请行政复议。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查增值税应纳税额的计算。

除《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十九条（即年应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人按小规模纳税人纳税的；非企业性单位、不经常发生应税行为的企业选择按小规模纳税人纳税的）规定外，纳税人销售额超过小规模纳税人标准，应当办理一般纳税人资格登记而未办理的，应按销售额和增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。餐饮服务属于生活服务，适用增值税税率6%。

依据题干数据，该纳税人应缴纳的增值税＝109.18÷（1＋6%）×6%＝6.18（万元）。

因此，本题正确答案为选项D。