选项B，税收合作信赖主义原则属于税法的基本原则；选项C，新法优于旧法原则，有效解决了因法律修订导致新旧法律规定冲突的问题；选项D，同一机关制定的法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章，特别规定与一般规定不一致的，适用特别规定，这体现了特别法优于普通法原则。

选项A，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为环境保护税的纳税人。政府机关、家庭和个人即便有排放污染物的行为，因其不属于企业事业单位和其他生产经营者，不属于环境保护税的纳税人。另外，规模化养殖，畜禽需达到鸡鸭5000羽、牛50头、猪500头，需要缴纳环境保护税。选项B，对农业生产（不包括规模化养殖）排放应税污染物的暂免征税。60头牛属于规模化养殖，应缴纳环境保护税。选项C，对机动车、铁路机车、非道路移动机械、船舶和航空器等流动污染源排放应税污染物的暂免征税。选项D，企业向依法设立的城乡污水集中处理中心排放应税污染物，不属于直接向环境排放应税污染物，不需缴纳环境保护税。

选项B，申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上。

符合下列情形之一的，纳税人应当进行土地增值税的清算：
（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
（3）直接转让土地使用权的。