选项A错误，生产用设备的折旧应登记制造费用，不影响损益。

选项C错误，即征即退的增值税应贷方登记其他收益科目。

选项D错误，收到的洪灾弥补损失，属于与过去相关的收益类政府补助，应直接冲减营业外支出。

在编制破产清算期间的财务报表时，应当对所有资产项目按其于破产报表日的破产资产清算净值重新计量，选项A错误；

破产企业在破产清算终结日，剩余破产债务不再清偿的，应登记其他收益科目，选项C错误；

破产清算期间，破产企业的所得税费用仅应反映当期应交所得税，选项E错误。

企业以存货换取客户的非货币性资产的，适用《收入》准则中的非现金对价的相关规定，甲公司账务处理如下： 

借：无形资产                                          800

    应交税费——应交增值税（进项税额）                 48

    银行存款                                           43

   贷：主营业务收入                                   800 

       应交税费——应交增值税（销项税额）              91                      

借：主营业务成本                                      560

   贷：库存商品                                       560

综上，甲公司因该业务影响损益的金额＝800－560＝240（万元）， 故选项A正确。