从农业生产者手中购入免税农产品用于生产13%税率的货物，按照农产品收购发票注明的买价和10%扣除率计算抵扣进项税额，购进农产品准予抵扣的进项税额＝99 000×10%＝9 900（元）。

选项A，海关进口增值税专用缴款书属于合法扣税凭证，对应的进项税额准予抵扣。选项B，购进劳保鞋帽取得增值税“专用”发票，准予抵扣进项税额。选项C，购进符合规定的国内旅客运输服务，取得增值税电子普通发票的，按发票上注明的税额抵扣进项税额。选项D，购进维修服务取得增值税“普通”发票，不得抵扣进项税额。

题目所述内容正确。非正常损失的外购货物，不得从销项税额中抵扣进项税额。非正常损失包括因违反法律法规造成货物或不动产被执法部门依法没收、销毁、拆除的情形。

进口环节应纳增值税税额＝关税计税价格×（1＋关税税率）×增值税税率＝116×（1＋10%）×13%＝16.59（万元）。因此，选项C正确。