作者将自己的文字作品手稿原件或复印件公开拍卖取得的所得，按照“特许权使用费所得”项目缴纳个人所得税，选项A不当选。应邀担任学术会议主讲嘉宾取得的报酬，属于个人独立从事非雇佣的各种劳务取得的所得，按照“劳务报酬所得”缴纳个人所得税，选项B不当选。李某将研究成果整理成文章发表取得的报酬和将自己的摄影作品发表在书画杂志取得的报酬，应按“稿酬所得”缴纳个人所得税，因此，选项C、D正确。

从事个体出租车运营的出租车驾驶员取得的收入，按“经营所得”项目缴纳个人所得税。

个体工商户在个人所得税中不得扣除项目：（1）个人所得税税款；（2）税收滞纳金；（3）罚金、罚款和被没收财物的损失；（4）不符合扣除规定的捐赠支出；（5）赞助支出；（6）用于个人和家庭的支出；（7）与取得生产经营收入无关的其他支出；（8）其他规定不得扣除的支出。