购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。则甲公司当月购进该批农产品准予抵扣的进项税额＝10 000×9%＝900（元）。因此，选项B正确。

从农业生产者手中购入免税农产品用于生产13%税率的货物，按照农产品收购发票注明的买价和10%扣除率计算抵扣进项税额，购进农产品准予抵扣的进项税额＝99 000×10%＝  9 900（元）。

选项A，因管理不善被盗材料所支付的增值税款不得从销项税额中抵扣；选项BD，用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产所支付的增值税款不得从销项税额中抵扣。

选项B，购进劳保用品，由于取得的是增值税普通发票，其进项税额不得抵扣；选项C，购进固定资产兼用于生产经营和集体福利，其进项税额可以全部抵扣；选项D，购进住宿服务用于集体福利不得抵扣进项税额。