购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。则甲公司当月购进该批农产品准予抵扣的进项税额＝10 000×9%＝900（元）。因此，选项B正确。

购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务（选项D）和娱乐服务不得从销项税额中抵扣进项税额。

由“残疾人的组织”直接进口供残疾人专用的物品免征增值税，医疗设备公司进口不免征。

选项A，农业生产者销售的自产农产品，免征增值税。选项C，古旧图书，免征增值税。选项D，一般纳税人销售自己使用过的汽车，应当按照相应规定征收增值税。