直接材料耗用量差异形成的原因包括产品设计结构、原料质量、工人的技术熟练程度、废品率的高低等。直接材料运输方式的不同是材料价格差异形成的原因。选项B当选。

双重股权结构的优点:同股不同权制度能避免企业内部股权纷争，保障企业创始人或管理层对企业的控制权(选项C不当选)，防止公司被恶意收购(选项A不当选);提高企业运行效率，有利于企业的长期发展。 双重股权结构的缺点:容易导致管理中独裁行为的发生；控股股东为自己谋利而损害非控股股东的利益，不利于非控股股东利益的保障（选项B当选）；可能加剧实际经营者的道德风险和逆向选择(选项D不当选)。

一般性保护条款主要包括：保持企业资产的流动性、限制企业非经营性支出、限制企业资本支出规模、限制公司再举债规模（选项A当选）、限制公司的长期投资。选项B、C属于例行性保护条款，选项D属于特殊性保护条款。