①所得额计算方面，预扣预缴按次或按月计算，汇算清缴时是并入综合所得按年汇总计算。

②可扣除项目确定方面，预扣预缴时，每次收入不超过4000元的，减除费用800元；4000元以上的，减除20%的费用。汇算清缴时，统一减除20%的费用后并入收入总额，还可以和综合所得一并减除6万元的费用扣除和专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除项目。

③税率（或预扣率）方面，预扣预缴时采用20%～40%的3级超额累进预扣率；汇算清缴时采用7级超额累进税率。

该公司多缴税款可以申请退还。
纳税人自结算税款之日起3年内发现多缴税款的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关将自接到纳税人退还申请之日起30日内查实并办理退还手续。2017年5月22日结清税款，2019年4月发现的，可以要求税务机关退还多缴的税款，并可以要求加算银行同期存款利息。

该公司不可以直接向人民法院提起行政诉讼。
税务机关作出的不予退还税款的决定，属于征税行为。申请人对税务机关作出的征税行为不服的，应当先向行政复议机关申请税务行政复议；对行政复议决定不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。

①行政复议机关应当自受理申请之日起60日内作出行政复议决定。
②情况复杂，不能在规定期限内作出行政复议决定的，经行政复议机关负责人批准，可以适当延期，并告知申请人和被申请人；但是延期不得超过30日。