有下列情形之一的，行政机关应当依法办理有关行政许可的注销手续：

（1）行政许可有效期届满未延续的；（选项B）

（2）赋予公民特定资格的行政许可，该公民死亡或者丧失行为能力的；

（3）法人或者其他组织依法终止的；

（4）行政许可依法被撤销、撤回，或者行政许可证件依法被吊销的；（选项C、D、E）

（5）因不可抗力导致行政许可事项无法实施的；

（6）法律、法规规定的应当注销行政许可的其他情形。

选项A，行政许可所依据的法律、法规、规章修改或废止，行政机关可依法撤回已生效的许可。本案中属于“依据变化”，生态环境局应撤回许可。

选项B，撤销适用于许可本身存在违法情形（如申请人欺诈、行政机关越权），需依法启动撤销程序。本案中许可合法，仅因法律依据变化，不适用撤销。

选项C，吊销是行政处罚行为，需基于企业违法行为（如严重污染环境），与法律依据变化无关。本案中企业未违法，不能吊销。

选项D，注销是程序性行为，适用于许可有效期届满、企业主动放弃等情形。本案需基于法律变化主动撤回，而非程序性注销。