确定识别出的非财务报告内部控制缺陷为重大缺陷的，注册会计师应当以书面形式与企业董事会和管理层沟通（选项A当选），提醒企业加以改进；同时在内部控制审计报告中增加非财务报告内部控制重大缺陷描述段（选项C当选），对重大缺陷的性质及其对实现相关控制目标的影响程度进行披露，提示内部控制审计报告使用者注意相关风险，但无需对其发表审计意见（选项B、D不当选）。

（1）不恰当。注册会计师执行的内部控制审计严格限定在财务报表内部控制审计。审计意见覆盖的范围是：针对财务报告内部控制，注册会计师对其有效性发表审计意见；针对非财务报告内部控制，注册会计师针对内部控制审计过程中注意到的非财务报告内部控制的重大缺陷，在内部控制审计报告中增加“非财务报告内部控制重大缺陷描述段”予以披露。

（2）不恰当。了解和识别内部控制的程序的性质、时间安排和范围属于具体审计计划的内容。

（3）恰当。

（4）不恰当。穿行测试用于了解内部控制，不用于控制测试，即不测试内部控制运行是否有效。