选项B，属于国务院部委管理的国家局。

选项D，属于国务院办事机构。

选项E，属于国务院直属机构。

选项A，属于“国务院部委管理的国家局”（一般称为“××局”）

选项B，属于国务院直属机构（一般称为“××总局”）。

选项C，属于“国务院组成部门”（一般称为“××部”“××委员会”）。

选项D，中国科学院、中国气象局属于“国务院直属事业单位”，国家文物局、国家铁路局属于“国务院部委管理的国家局”。

选项A、B、C、D，规章分为部门规章和地方政府规章。部门规章是由国务院各部委、中国人民银行、审计署和具有行政管理职能的国务院直属机构制定的。

选项E，国务院港澳事务办公室属于国务院办事机构，不具有部门规章制定权。

行政授权必须是法律、法规，选项A、B、C中的《植物检疫条例》《治安管理处罚法》《税收征收管理法》都是法律法规，因此，植物检疫机构、公安派出所、税务所都是被授权的组织，具有行政主体资格。

选项D，公安局的发文不属于法律法规，因此属于行政委托，水上派出所是受委托的组织，不具有行政主体资格。