确定识别出的非财务报告内部控制缺陷为重大缺陷的，注册会计师应当以书面形式与企业董事会和管理层沟通（选项A当选），提醒企业加以改进；同时在内部控制审计报告中增加非财务报告内部控制重大缺陷描述段（选项C当选），对重大缺陷的性质及其对实现相关控制目标的影响程度进行披露，提示内部控制审计报告使用者注意相关风险，但无需对其发表审计意见（选项B、D不当选）。