本题考核合同权利义务的终止（法定抵销的效力）。选项A、B不当选、选项C当选，法定抵销中的抵销权性质上属于形成权，因此当事人主张抵销的，应当通知对方。通知为非要式。抵销的效果自通知到达对方时生效（甲公司的回函属于事后同意，不影响抵销生效的时点）。选项D不当选，法定抵销不具有溯及既往的效力，抵销的效果并非自债权成立时或债务到期时起算，而是自抵销通知到达对方时生效。本题中，乙公司于2025年6月1日发出抵销通知且当日到达甲公司，抵销于当日生效。甲乙双方互负的主债务、利息、违约金或者损害赔偿金于6月1日等额消灭。

本题考核合伙企业概述（合伙企业的特征）。选项A不当选，合伙企业不具有法人资格，但拥有自己的独立财产，可以以自己的名义起诉和应诉。选项B不当选，合伙企业的生产经营所得和其他所得，由“合伙人”分别缴纳所得税，合伙企业不缴纳企业所得税。选项C当选，合伙企业的信用基础最终取决于普通合伙人的偿债能力，这是合伙企业区别于公司的一个重要特征。选项D不当选，合伙企业的内部事务管理和利益分配主要由合伙协议规范，法律上的强制性规范很少，具有高度灵活性。

有限合伙人退伙后，对基于其退伙前的原因发生的有限合伙企业债务，以其退伙时从有限合伙企业中取回的财产承担责任，选项D当选。

本题考核公司清算（清算义务人）。根据规定，清算义务人，是指有义务组织公司清算的人。《公司法》规定，董事是公司的清算义务人，选项A当选。