土地使用权的权属未确定的，其实际使用人为纳税人，选项A不当选。在城镇土地使用税征税范围内，承租集体所有建设用地的，由直接从集体经济组织承租土地的单位和个人，缴纳城镇土地使用税，选项C不当选。

物流企业承租的大宗商品仓储设施用地，由出租方享受减按50%计征城镇土地使用税的优惠政策，选项B不当选。纳税单位无偿使用免税单位的土地，纳税单位应照章缴纳城镇土地使用税，选项D不当选。

经批准开山填海整治的土地和改造的废弃土地，从使用的月份起免缴城镇土地使用税5年至10年，选项A不当选。海关属于免税单位，民航企业属于纳税单位，免税单位无偿使用纳税单位的土地，免征城镇土地使用税，选项B当选。小型微利企业减半征收“六税两费”，其中包含城镇土地使用税，选项C当选。石油天然气生产企业在石油天然气生产建设中用于地质勘探、钻井、井下作业、油气田地面工程等施工临时用地，暂免征收城镇土地使用税，选项D不当选。

纳税人因土地的权利发生变化而依法终止城镇土地使用税纳税义务的，其应纳税款的计算应截止到土地权利发生变化的当月末，选项A不当选。通过招标方式取得的建设用地，不属于新征用的耕地，应从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税；合同未约定交付土地时间的，从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税，选项D不当选。