本题考查税收原则概述。

税收原则是政府制定税收制度、执行税收职能时应遵循的基本指导思想和基本规则，是税务管理应遵循的理论标准和准则，是一定社会经济关系在税制建设中的反映，其核心是如何使税收关系适应一定的生产关系的要求，它体现了政府征税的基本思想。

因此，本题正确答案为选项A。

本题考查增值税应纳税额的计算。

因保管不善造成毁损材料支付的增值税不得抵扣进项税，需要做纳税转出处理。

因此，本题正确答案为选项C。

本题考查契税。

房屋所有权相互交换，双方交换价值相等，免纳契税，办理免征契税手续。其价值不相等的，按超出部分由支付差价方缴纳契税。

依据题干数据，黄某应缴纳的契税＝（96－72）×3%＝0.72（万元）。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查印花税。

【选项D错误】已缴纳印花税的应税凭证，变更后所列金额增加的，纳税人应当就增加部分的金额补缴印花税；变更后所列金额减少的，纳税人可以就减少部分的金额向税务机关申请退还或者抵缴印花税。

因此，本题正确答案为选项D。