无运输工具承运业务，按照“交通运输服务”缴纳增值税，选项B当选。

技术转让收入不包括销售或转让设备、仪器、零部件、原材料等非技术性收入。技术转让所得＝技术转让收入－技术转让成本－相关税费＝（1800－400）－500＝900（万元）。甲公司转让该项计算机软件著作权应缴纳企业所得税＝400×25%＋（900－500）×50%×25%＝150（万元）。

水利工程占用耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税，选项A当选。军用码头占用耕地，免征耕地占用税，选项B不当选。农田水利设施占用耕地，不缴纳耕地占用税，选项C不当选。城区内机动车道占用耕地的，按照当地适用税额缴纳耕地占用税，选项D不当选。

税务师事务所合伙人或者股东由税务师、注册会计师、律师担任，税务师占比应高于50%，国家税务总局另有规定的除外。选项B当选。