留存收益包括盈余公积（选项AB）和未分配利润（选项C）；选项D属于资本公积。

选项D，应计入营业外收入。

存货盘亏及毁损在按管理权限报经批准后对于入库的残料价值记入“原材料”科目，选项A正确；对于应由保险公司或责任人赔偿的部分，记入“其他应收款”科目，选项B正确；因自然灾害等非常损失造成的原材料毁损净损失应记入“营业外支出”科目，选项C正确；扣除残料价值和应由保险公司、过失人赔款后的净损失，属于一般经营损失的部分记入“管理费用”科目，选项D正确。

营业外支出是指企业发生的与其日常活动无直接关系的各项损失，主要包括非流动资产毁损报废净损失、捐赠支出、盘亏损失、非常损失、罚款支出等。故应计入营业外支出的金额＝40 000＋2 000＋10 000＝52 000（元）。