选项A、C、D，照章征收土地增值税。

本题考查契税的计算和税收优惠。（1）法定继承人通过继承承受土地、房屋权属，免征契税，因此李某通过继承承受市场价值为100万元的房屋免征契税；（2）房屋买卖，承受方计征契税，计税依据为不含增值税的成交价格，因此李某购买商品房缴纳契税的计税依据为200万元。李某上述行为应缴纳契税税额＝200×3%＝6（万元）。

本题考查房屋互换行为下，互换价格不相等时契税计征的规定。考生解题时需明确两点：（1）支付差价的一方为契税纳税人；（2）所支付的差价款为计税依据。因此本题应由李某按支付的差价缴纳契税，李某应缴纳的契税税额＝20×3%＝0.6（万元）。

房地产开发成本是指纳税人开发房地产项目实际发生的成本，包括土地征用及拆迁补偿费（选项D）、前期工程费、建筑安装工程费（选项B）、基础设施费、公共配套设施费（选项A）和开发间接费用等，其中土地征用及拆迁补偿费包含耕地占用税；选项C，属于取得土地使用权所支付的金额，不计入房地产开发成本，而是作为土地增值税扣除项目的“第1项”。