（1）2023年3月销售货物取得的销售额是含税金额，需价税分离，首先排除选项B、D；（2）小规模纳税人采用简易计税方法，购进货物无论取得增值税普通发票还是增值税专用发票，均不得抵扣进项税额，排除选项A；（3）甲公司该月应缴纳增值税税额＝含税销售额÷（1＋征收率）×征收率＝25÷（1＋1%）×1%＝0.248（万元）。

（1）因自然灾害（不可抗力）导致该批玉米损毁的20%，其进项税额可以从销项税额中抵扣；（2）本题从农民手中购进农产品，取得农产品收购发票，按农产品收购发票注明的买价和扣除率计算准予抵扣的进项税额；（3）购进玉米（农产品）用于生产玉米面（9%税率货物），按照9%的扣除率计算进项税额；（4）甲公司当月收购玉米准予抵扣的进项税额＝买价×9%＝43600×9%＝3924（元）。

准予从销项税额中抵扣的进项税额分两类：

（1）凭票抵扣。

选项A，从海关取得海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额（2.6万元），准予抵扣；选项B，购进运输服务取得普通发票，不得抵扣；选项D，从销售方取得增值税专用发票上注明的增值税额（3.9万元），准予抵扣。

（2）计算抵扣。

从农业生产者手中购入免税农产品用于生产13%税率的货物，取得农产品收购发票上注明的买价为3万元，按照农产品收购发票注明的买价和10%扣除率计算抵扣进项税额，购进农产品准予抵扣的进项税额＝30000×10%=3000（元）。