选项A当选，本单位员工购买国内旅客运输服务取得的增值税电子普通发票，可以直接按照票面上注明的税额进行抵扣。

选项B不当选，未注明旅客身份信息的公路客运客票不得作为抵扣凭证。

选项C不当选，允许抵扣的国内旅客运输服务仅限于本单位员工或本单位接受的劳务派遣员工，为外单位员工支付的不允许抵扣。

选项D不当选，用于职工福利的购进服务属于进项税额不得抵扣的情形。

按照规定不得抵扣且未抵扣进项税额的固定资产、无形资产、不动产，发生用途改变，用于允许抵扣进项税额的应税项目，可在用途改变的次月按照下列公式计算可以抵扣的进项税额：可以抵扣的进项税额＝固定资产、无形资产、不动产净值÷（1+适用税率）×适用税率。

甲公司改变该设备用途可以抵扣的进项税额=（160-35）÷（1+13%）×13%=14.38（万元），选项D当选。

桥、闸通行费可抵扣的进项税额＝ 5 250÷（1 ＋ 5%）×5% ＝ 250（元）。 

航空运输电子客票行程单可抵扣的进项税额＝（5 450×2）÷（1 ＋ 9%）×9% ＝ 900（元）。 

公路长途客票可抵扣的进项税额＝ 309÷（1 ＋ 3%）×3% ＝ 9（元）。 

该企业上述票据可抵扣的进项税额合计＝ 250 ＋ 900 ＋ 9 ＝ 1 159（元）。