选项C当选，

（1）允许抵扣的国内旅客运输服务仅限于本单位员工和本单位接受的劳务派遣员工，为外单位员工支付的机票款等不得抵扣进项税额。 

（2）允许抵扣的进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%。 

综上，允许抵扣的进项税额=（3 000+400）÷（1+9%）×9%=280.73（元）。 

按照规定不得抵扣且未抵扣进项税额的固定资产、无形资产、不动产，发生用途改变，用于允许抵扣进项税额的应税项目，可在用途改变的次月按照下列公式计算可以抵扣的进项税额：可以抵扣的进项税额＝固定资产、无形资产、不动产净值÷（1+适用税率）×适用税率。

甲公司改变该设备用途可以抵扣的进项税额=（160-35）÷（1+13%）×13%=14.38（万元），选项D当选。

用于简易计税方法计税项目（选项C）、免征增值税项目（选项D）、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产（不包括其他权益性无形资产）和不动产， 其进项税额不得抵扣。

非正常损失是指因管理不善造成货物被盗、丢失（选项B）、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。

非正常损失的购进货物，以及相关劳务和交通运输服务，其进项税额不得抵扣。