用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。在本题中，王某与甲公司之间的劳动关系自王某进入公司开始工作时建立。因此，选项C正确。

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。当月工资的20%＝6 000×20%＝1 200（元），扣除赔偿后的金额＝6 000－1 200＝4 800（元），大于当地最低工资标准4 300元，即可按劳动者当月工资的20%扣除。

劳动合同期限1年以上不满3年的，试用期不得超过2个月，甲公司与王某约定试用期3个月超出1个月，不符合规定；违法约定的试用期已经履行的，由用人单位以劳动者试用期满月工资（5 000元）为标准，按已经履行的超过法定试用期的期间（1个月）向劳动者支付赔偿金。因此，甲公司应依法支付的赔偿金为5 000×1＝5 000（元）。

根据《劳动合同法》的规定，劳动合同期限3个月以上不满1年的，试用期不得超过1个月；劳动合同期限1年以上不满3年的，试用期不得超过2个月。3年以上固定期限和无固定期限劳动合同，试用期不得超过6个月。