销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。特殊情况包括：（1）收购单位和扣缴义务人支付个人款项时；（2）国家税务总局认为其他需要由付款方向收款方开具发票的。

题目所述情形，不征收增值税。

选项A，超市并非“农业生产者”，销售农产品并非都适用免税规定。选项C，超市并非“残疾人的组织”，直接进口供残疾人专用的物品不适用免税规定。选项D，一般纳税人销售自己使用过的计算机，可能适用简易征收办法减按2%的征收率征收，也可能按适用税率征收，但无论何种方法征收都不适用免税规定。

除国家机关、个人和无固定生产经营场所的流动性农村小商贩外，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位等，都应当办理税务登记。