本题考查发票管理。

已经开具的发票存根联，应当保存5年。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查车辆购置税。

车辆购置税的纳税义务发生时间为纳税人购置应税车辆的当日。纳税人应当自纳税义务发生之日起60日内申报缴纳车辆购置税。

因此，本题正确答案为选项B。

本题考查财政支出效益分析的方法。

在长期的财政实践中，国际上总结出一系列针对效益形式不同的支出项目的效益分析方法。对于那些只有社会效益，且其产品不能进入市场的支出项目（如国防支出），采用最低费用选择法。

【选项A错误】对于那些有直接经济效益的支出项目（如基本建设投资支出），采用“成本—效益”分析法。

【选项B、C错误】教材中财政支出效益分析的方法包括“成本—效益”分析法和最低费用选择法，不包括投入产出分析法和“公共劳务”收费法。

因此，本题正确答案为选项D。

本题考查车船税的计税依据。

车船税的计税单位是“每辆”【选项A】“整备质量每吨”【选项B】“净吨位每吨”【选项C】“艇身长度每米”，实行从量计税的方法。

因此，本题正确答案为选项D。