企业应当在履行了合同中的履约义务，即在客户取得相关商品控制权时确认收入，选项C正确。

选项A，三种商品单独售价合计为50万元，合同价款为45万元，确认合同折扣5万元。由于甲公司经常将B、C商品组合以20万元的价格销售，该价格与其单独售价的差额为5万元[（15＋10）－20）]，与合同折扣一致，且A产品单独销售价格与其单独售价一致，因此，企业应当将合同折扣仅在B、C商品之间分摊。各商品交易价格分别为：A商品25万元，B商品12万元（15/25×20），C商品8万元（10/25×20），选项B、C、D当选。

对于为履行客户合同而发生的运输活动，若运输活动发生在商品的控制权转移之前，其通常不构成单项履约义务，企业应将相关支出作为与商品销售相关的成本计入合同履约成本，最终计入营业成本；若运输活动发生在商品控制权转移之后，可能构成单项履约义务，企业应在确认运输服务收入的同时，将相关支出计入运输服务成本。选项A、B当选。客户以一项商品换取类型、质量、状况及价格均相同的另一项商品，不应被视为退货。此外，如果合同约定客户可以将质量有瑕疵的商品退回以换取正常的商品，企业应当按照附有质量保证条款的销售进行会计处理。选项C、D当选。