取得综合所得需要办理汇算清缴的，包括下列情形：

（1）在两处或者两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减去专项扣除的余额超过6万元；

（2）取得劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得中一项或者多项所得，且综合所得年收入额减去专项扣除的余额超过6万元；（选项B）

（3）纳税年度内预缴税额低于应纳税额的；（选项C）

（4）纳税人申请退税；（选项D）

选项A，在两处或者两处以上取得综合所得，且综合所得年收入额减去专项扣除的余额超过6万元才需要汇算清缴。综上，本题应选A。