该公司应在B市所管辖的税务机关办理土地增值税纳税申报。

注：土地增值税的纳税人应向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税。“房地产所在地”是指房地产的坐落地。纳税人是法人的，如果转让的房地产坐落地与其机构所在地或经营所在地不一致时，则应在房地产坐落地所管辖的税务机关申报纳税。

允许扣除的开发成本＝22500（万元）； 
允许扣除的开发费用＝4500＋（37800＋22500）×5%＝7515（万元） ；
允许扣除的税金及附加＝540（万元）； 
其他扣除项目金额＝（37800＋22500）×20%＝12060（万元） ；
允许扣除项目金额的合计数＝37800＋22500＋7515＋540＋12060＝80415（万元）。

增值额＝112500－80415＝32085（万元）；
增值率＝32085÷80415×100%＝39.90%，适用税率30%。
应缴纳土地增值税＝32085×30%＝9625.5（万元） ；
应补缴土地增值税＝9625.5－1125＝8500.5（万元）。