选项A，以“净吨位数”为计税依据；选项B、C，以“整备质量吨位数”为计税依据；选项D，以“辆数”为计税依据。

甲公司该房产2020年全年处于自用状态，需从价计征房产税。从价计征的房产税应纳税额＝应税房产原值×（1－扣除比例）×1.2%＝1000×（1－30%）×1.2%＝8.4（万元）。

占用园地、林地、草地、农田水利用地、养殖水面、渔业水域滩涂以及其他农用地建设“直接为农业生产服务的生产设施”的，不缴纳耕地占用税；木材集材道（选项B）、运材道，农业科研、试验、示范基地（选项C），畜禽养殖设施（选项D），均属于“直接为农业生产服务的生产设施”。

选项A，占用耕地建设直接为农业生产服务的生产设施的，不缴纳耕地占用税；选项B、C，军事设施、学校、幼儿园、社会福利机构、医疗机构占用耕地，免征耕地占用税；选项D，农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按当地适用税额减半征税。