本题考查购进农产品进项税额抵扣的计算。解题思路两步法：第一步确定计算准予抵扣进项税额的基数；第二步确定适用的扣除率（本题已知适用9%的扣除率）。“何处购进”是确定基数的突破口，本题是从按简易计税方法依3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人处购进，因此以增值税专用发票上注明的金额作为计算抵扣进项税额的基数。甲公司当月购进农产品准予抵扣的进项税额=10000×9%＝900（元）。

境外单位或者个人向境内单位或者个人销售完全在境外使用的无形资产，属于在境外销售无形资产，不缴纳增值税。