（1）取得注明旅客身份信息的国内航空运输电子客票行程单，以票价和燃油附加费为计税依据计算可抵扣的进项税额；（2）甲公司当月取得航空旅客运输电子客票行程单准予抵扣的进项税额＝（票价＋燃油附加费）÷（1＋9%）×9%＝3270÷（1＋9%）×9%＝270（元）。

A公司应缴纳增值税的分析：

（1）A公司将货物直接对外销售，开出的增值税专用发票上注明的价款为8000元，该金额为不含税金额，A公司销项税额＝不含税销售额×适用税率＝8000×13%＝1040（元）；（2）A公司外购货物5000元、支付加工费1000元，均取得增值税专用发票，A公司可抵扣的进项税额＝（5000＋1000）×13%=780（元）；（3）A公司需要缴纳的增值税税额＝销项税额－进项税额＝1040－780=260（元）。

B公司应缴纳增值税的分析：

（1）B公司提供加工劳务收取1000元加工费，题目中未描述进项税额，默认为0；（2）B公司需要缴纳的增值税税额＝1000×13%＝130（元）。

准予从销项税额中抵扣的进项税额分两类：

（1）凭票抵扣。

选项A，从海关取得海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额（2.6万元），准予抵扣；选项B，购进运输服务取得普通发票，不得抵扣；选项D，从销售方取得增值税专用发票上注明的增值税额（3.9万元），准予抵扣。

（2）计算抵扣。

从农业生产者手中购入免税农产品用于生产13%税率的货物，取得农产品收购发票上注明的买价为3万元，按照农产品收购发票注明的买价和10%扣除率计算抵扣进项税额，购进农产品准予抵扣的进项税额＝30000×10%=3000（元）。