从农业生产者手中购入免税农产品用于生产13%税率的货物，按照农产品收购发票注明的买价和10%扣除率计算抵扣进项税额，购进农产品准予抵扣的进项税额＝99 000×10%＝9 900（元）。

购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务不得抵扣进项税额，因此甲公司购入的餐饮服务和贷款服务的税额都不得抵扣，因此可以抵扣的税额是900元。

选项A，海关进口增值税专用缴款书属于合法扣税凭证，对应的进项税额准予抵扣。选项B，购进劳保鞋帽取得增值税“专用”发票，准予抵扣进项税额。选项C，购进符合规定的国内旅客运输服务，取得增值税电子普通发票的，按发票上注明的税额抵扣进项税额。选项D，购进维修服务取得增值税“普通”发票，不得抵扣进项税额。