选项C当选，

（1）允许抵扣的国内旅客运输服务仅限于本单位员工和本单位接受的劳务派遣员工，为外单位员工支付的机票款等不得抵扣进项税额。 

（2）允许抵扣的进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%。 

综上，允许抵扣的进项税额=（3 000+400）÷（1+9%）×9%=280.73（元）。 

选项A，因管理不善造成货物被盗、丢失、霉老变质,以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形造成的非正常损失,进项税额不得抵扣；

选项D，提供保险服务的纳税人以现金赔付方式承担机动车辆保险责任的，将应付给被保险人的赔偿金直接支付给车辆修理劳务提供方，不属于保险公司购进车辆修理劳务,其进项税额不得从保险公司销项税额中抵扣。提供保险服务的纳税人以实物赔付方式承担机动车辆保险责任的，自行向车辆修修理劳务提供方购进的车辆修理劳务，其进项税额可以按规定从保险公司销项税额中抵扣。

桥、闸通行费可抵扣的进项税额＝ 5 250÷（1 ＋ 5%）×5% ＝ 250（元）。 

航空运输电子客票行程单可抵扣的进项税额＝（5 450×2）÷（1 ＋ 9%）×9% ＝ 900（元）。 

公路长途客票可抵扣的进项税额＝ 309÷（1 ＋ 3%）×3% ＝ 9（元）。 

该企业上述票据可抵扣的进项税额合计＝ 250 ＋ 900 ＋ 9 ＝ 1 159（元）。