选项 A，以“净吨位数”为计税依据；选项 B、C，以“整备质量吨位数”为计税依据；选项 D，以“辆数”为计税依据。

建设“直接为农业生产服务的生产设施”占用耕地、园地、林地、草地、农田水利用地、养殖水面、渔业水域滩涂的，不缴纳耕地占用税；木材集材道（选项 B）、运材道， 农业科研、试验、示范基地（选项 C），畜禽养殖设施（选项 D），均属于“直接为农业生 产服务的生产设施”。

选项 B，在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，需要缴纳印花税；选项 C，境外企业在境内提供服务，在境内没有设立机构、场所的，由境内购买方代扣代缴增值税；选项 A，题目未提及进出境的货物、物品，因此不涉及关税；选项 D，题目未提及应税消费品，因此不涉及消费税。

投资者参与分红、共担风险，属于真投资行为，该房产归被投资的公司所有，由被投资方按房产余值作为计税依据从价计征房产税。