选项A，纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的增值税普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。

选项B，食品生产企业的一般纳税人从小规模纳税人购进农产品取得1%征收率的增值税专用发票，以发票上注明的税额抵扣进项税额。

选项C，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，购进农产品进项税额实行核定扣除，扣除率为销售货物的适用税率。销售货物的税率是13%，扣除率就是13%；销售货物的税率是9%，扣除率就是9%。

选项D，纳税人取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。

选项E，纳税人购进农产品从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人处取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。