甲公司提供咨询服务的合同，所提供专业意见与客户的事实和情况相关联，若客户违约，甲公司有权收取成本加10%的合理利润，表明该合同具有不可替代用途且甲公司具有收取成本加合理利润的权利，应当在一段时间内按照履约进度确认收入，选项C正确。

合同变更，是指经合同各方批准对原合同范围或价格作出的变更。选项A当选。

（1）合同变更部分作为单独合同：增加了可明确区分的商品及合同价款+新增合同价款反映了新增商品单独售价。选项B当选。

（2）合同变更作为原合同终止及新合同订立：增加了可明确区分的商品及合同价款+新增合同价款未反映新增商品单独售价。选项C当选。

（3）合同变更部分作为原合同的组成部分：已转让商品与未转让商品之间不可明确区分。选项D当选。

【知识链接】

企业在估计商品的单独售价时，可使用的方法有市场调整法、成本加成法、余值法等方法，选项ABC正确。期望值法属于估计可变对价的最佳估计数的方法，选项D错误。