选项D，实行定期定额方式缴纳税款的纳税人，可以实行简易申报、简并征期等申报纳税方式。

选项B，由税务机关没收违法所得，没收、销毁作案工具和非法物品，并处1万元以上5万元以下的罚款；情节严重的，并处5万元以上50万元以下的罚款；对印制发票的企业，可以并处吊销发票准印证；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

选项C、D，由税务机关处1万元以上5万元以下的罚款；情节严重的，处5万元以上50万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。

选项A，纳税人必须严格按照《增值税专用发票使用规定》保管使用专用发票，根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条，丢失发票或者擅自损毁发票的，由税务机关责令改正，可以处以1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。