纳税人违反增值税、消费税等有关规定而加收的滞纳金、罚款，是税务机关对纳税人违法行为的经济制裁，不作为城市维护建设税的计税依据，选项A不当选；个人所得税、企业所得税不是城市维护建设税的计税依据，选项C、D不当选。

选项B：实行先征后返、先征后退、即征即退办法退还的“两税”税额，属于城市维护建设税的计税依据；选项C：纳税人在被查补“两税”并被处以罚款时，应同时对其偷漏的城市维护建设税进行补税、征收滞纳金和罚款；选项D：纳税人计算的免抵税额要作为城市维护建设税的计税依据。