企业填写“银行汇票申请书”、将款项交存银行时，借记“其他货币资金——银行汇票”科目，贷记“银行存款”科目，选项B正确。

向证券公司指定银行开立的投资款专户划出资金，相关账务处理为：

借：其他货币资金——存出投资款

　　贷：银行存款

本题主要考查其他货币资金的核算范围。选项 A，企业收到的商业汇票应通过“应收票据”科目核算。

选项 A，通过“应付票据”科目核算；选项 B，通过“银行存款”科目核算；选项 C，通过“应收票据”科目核算。