占用园地、林地、草地、农田水利用地、养殖水面、渔业水域滩涂以及其他农用地建设“直接为农业生产服务的生产设施”的，不缴纳耕地占用税；木材集材道（选项B）、运材道，农业科研、试验、示范基地（选项C），畜禽养殖设施（选项D），均属于“直接为农业生产服务的生产设施”。

房地产开发成本是指纳税人开发房地产项目实际发生的成本，包括土地征用及拆迁补偿费（选项D）、前期工程费、建筑安装工程费（选项B）、基础设施费、公共配套设施费（选项A）和开发间接费用等，其中土地征用及拆迁补偿费包含耕地占用税；选项C，属于取得土地使用权所支付的金额，不计入房地产开发成本，而是作为土地增值税扣除项目的“第1项”。

选项A，租赁合同以租金为计税依据，不包括所租赁财产的价值；选项B，运输合同以运输费用为计税依据，不包括装卸费、保险费和货物本身的金额；选项C，借款合同以借款金额为计税依据，不包括借款利息。

选项A，居民住宅区内业主共有的经营性房产，由实际经营（包括自营和出租）的代管人或使用人缴纳房产税；选项B、C、D，免征房产税。