本题考查购进农产品进项税额抵扣的计算。解题思路两步法：第一步确定计算准予抵扣进项税额的基数；第二步确定适用的扣除率（本题已知适用9%的扣除率）。“何处购进”是确定基数的突破口，本题是从按简易计税方法依3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人处购进，因此以增值税专用发票上注明的金额作为计算抵扣进项税额的基数。甲公司当月购进农产品准予抵扣的进项税额=10000×9%＝900（元）。

选项A，海关进口增值税专用缴款书属于合法扣税凭证，对应的进项税额准予抵扣；选项B，购进劳保鞋帽取得增值税“专用”发票，准予抵扣进项税额；选项C，购进符合规定的国内旅客运输服务，取得增值税电子普通发票的，按发票上注明的税额抵扣进项税额；选项D，购进维修服务取得增值税“普通”发票，不得抵扣进项税额。